Lo que nació como una carrera de tres horas seguidas, es decir 180 minutos con una parada obligatoria en pits, se comenzó a variar desde el 2003.
Fue en ese año cuando se dio la reapertura del autódromo La Guácima, esto luego del cierre que se presentó desde 1996 y hasta el 2002, por problemas legales con el inmueble.
Como había estado cerrado tantos años, el automovilismo nacional estaba detenido, los vehículos inactivos, y sin proyectos nuevos por parte de los pilotos.
Para la edición del 2003 se decidió retomar la carrera con un heat de 60 minutos, esto para que los vehículos no sufrieran de más y pudieran terminar de forma exitosa, así como por un tema de costos. Ese mismo formato se aplicó en el 2004, pero ya en el 2005 varió nuevamente a dos heats de 30 minutos, es decir carreras Sprint sin parada obligatoria.
¿Utilizar el nombre de las Tres Horas para carreras Sprint? A los puristas no les hizo mucha gracia, sin embargo en ese momento fue la solución para entusiasmar a los aficionados e incentivar la participación nacional e internacional de equipos.
En el 2006 se aumentó a dos heats de 45 minutos, 2007 a dos heats de 40 minutos, y en el 2008 se volvió a las dos largadas de 45 minutos. Por último, desde el 2009 hasta el 2012 se corrieron dos heats de 30 minutos.
Es hasta el 2019 cuando las Tres Horas de Costa Rica regresan a su formato original de 180 minutos con parada obligatoria, en esta ocasión compartiendo la pista las categorías GTS, GT3 y CTCC.
